Asıl adı Mehmed olup, İstanbul'da doğmuştur. Doğum tarihiyle ilgili olarak kaynaklarda 1595 ve 1601 olmak üzere iki ayrı tarihe rastlanmaktadır. Şairin gerek kendi devrinde, gerekse sonraki devirlerde yazılan biyografik eserlerde doğum tarihi "[...] bin on hududunda..." şeklinde başlayan cümlelerle ifade edilmiştir. (Hicri 1010, miladi 1601.) Bahâyî'nin 54 yaşındayken vefat ettiği belirtilmektedir. Şairin ölüm tarihi 1654'dür. 54 yaşındayken öldüğüne göre; doğum tarihinin 1010/1601 olduğu açıktır.
Bahâyî; ilim, kültür ve içtimai mevki bakımından yüksek bir aileye mensuptur. Babası Tâcü't-Tevârîh sahibi Hoca Sadeddin Efendi'nin dördüncü oğlu olan Rumeli Kazaskeri Azîz Efendi'dir. Bu sebeple "Azîz-zâde” ünvanıyla da anılır. Annesi ise Ebussud-zâde Mustafa Çelebi'nin kızıdır. Bahâyî, ailesi tarafından yüksek bir kültür ve sosyal seviyeye sahip olmuş, en ileri ilim müesseselerinden ve âlimlerinden devrinin gerektirdiği usûl ve ölçülere uygun, tam bir eğitim ve öğretim görerek yetişmiştir. 1617’de daha çocuk yaşta iken babasıyla birlikte Hicaz’a gitmiş ve hacı olmuştur. Döndükten sonra ilmiye mensubu ailelere tanınan imtiyazlardan faydalanarak genç yaşta müderris olup, 1630 yılına kadar İstanbul'un çeşitli medreselerinde bu görevini yükselerek sürdürdü. 1631’de Selanik kadısı oldu. Meslek hayatı oldukça hareketli ve hadiseli geçti. XVII. Asır Osmanlı ilim, idare ve siyaset adamlarının pek çoğunun yaşantısında görülen ve zamanın içtimai, siyasi ve idari yönetimindeki bozuklukların bir tezahürü olan tayin, terfi, azil ve sürgünleri Bahâyî’nin hayatında da görmek mümkündür.
1633 yılında hayatının en acılı ve sıkıntılı sayılabilecek bir döneminin başlangıcına sebep olan Halep kadılığına tayin edildi. Halep valisi Ahmed Paşa ile geçinemeyen Bahâyî, bu valinin "keyif verici maddelere düşkün olduğu, tütün çubuğunu elinden düşürmediği, adli ve idari görevleri yerine getiremeyeceği" şeklindeki ağır ithamlarına maruz kaldı. Bu ihbar üzerine zaten tütün içmeyi şiddetle yasaklamış olan Sultan IV. Murad, Bahâyî'yi görevden alarak Kıbrıs'a sürgün etti. Burada bir yıl süreyle kalan şair geçim sıkıntısıyla zor günler yaşadı.. Kıbrıs’taki sürgün günlerinde affedilmesi için dilek ve yakarış dolu Niyâznâme adlı mesnevisini yazıp Sultan IV. Murad'a sundu. Bunun üzerine 1636’da affedilerek İstanbul'a dönmesine müsaade edildi.
1638 yılında yeniden göreve çağrıldı ve Şam, 1644'te Edirne, 1645'de İstanbul kadılıklarında bulundu.
1646'da Anadolu kazaskeri olan Bahâyî, bir ay sonra da Rumeli kazaskerliğine atandı. Aynı yıl bu görevinden azledildi. Bir süre sonra tekrar Rumeli kazaskerliğine getirildi. 18 Temmuz 1649'da şeyhülislâmlık mertebesine yükseldi. “Gelmedi dehre Bahâyî gibi âlim müftî” mısraıyla şeyhülislâmlığa atanmasına tarih düşürülmüştür. Ancak gerek devlet ve ordu kademelerinden, gerekse saray çevresinden tayin, terfi konusunda kişisel istekler ve kayırma beklentileri başladı. Bahâyî bu istekleri yerine getirmediği için sözü edilen çevrelerce aranan bir adam olmaktan çıktı. Ayrıca makamına göz dikenler de vardı. Bu sebeplerden Bahâyî'yi görevinden almak için çareler aranmaya başlandı. Tütün içmenin haram olmadığına dair verdiği bir fetva aleyhine delil olarak kullanılmak istendi. Fakat onu şeyhülislamlıktan eden asıl olay; İzmir kadısı Hâşimî-zâde'nin bir İngilizin, İngiltere konsolosundan 200 akçe alacağı olduğunu ileri sürmesi üzerine zuhûr etti. Hâşimî-zâde, konsolosu sorguya çekmek isteyince konsolos bunun iki devlet arasındaki kapitülasyon hükümlerine aykırı olduğunu bahane ederek mahkemeye saygısızlıkta bulunmaya başladı. Şeyhülislâm Bahâyî bu olay üzerine İngiliz elçisinden konsolosun görevine son vermesini istedi. Fakat olumlu cevap alamayınca elçiyi kendi konağında hapsettirdi. Fırsatı kaçırmayan ağalar toplanıp şeyhülislâmın görevden alınmasını istediler. Bu istek önce reddedildi ama ikincisinde onaylandı ve 1651’de görevinden azledilerek Midilli'ye sürgün edildi.
1652'de ikinci defa şeyhülislâm tayin edildi. Bahâyî'nin ikinci şeyhülislâmlığı kendi kuruluşu içinde kalan bazı küçük tayin ve terfi anlaşmazlıkları dışında ilkine kıyasla daha sakin geçti. Zaten kendisi de eskisi gibi meselelere fazla karışmayıp, işleri daha çok çevresinden yakın saydığı kişilere bıraktı. Ölümüne kadar bu görevde kaldı.
Bahâyî, zamanın ağır ve çok tehlikeli bir boğaz hastalığı olan boğmacaya tutuldu ve hastalandıktan 3 gün sonra 4 Ocak 1654 cuma günü öldü. Ölüm tarihi (1654) konusunda kaynaklarda fikir birliği vardır. Fatih Câmiî’nin Darüşşafaka kapısına açılan kapısı civarında, son zamanlara kadar Bahâyî Suffesi adıyla anılan yere defnedilmiştir. Kabri, buradan yol genişletilmesi sebebiyle kaldırılarak karşı taraftaki günümüzde yoldan yüksekçe kalan hazireye nakledilmiştir. Mezar taşında ölümüne düşür lmüş şu tarih mısraı kayıtlıdır: “Menzilün fırdevs ola el-fâtiha” (1064).
Keskin bir zekâya ve kuvvetli bir hafızaya sahip olan Bahâyî Efendi küçük bir Dîvân sahibidir. Bir dîvânçe de diyebileceğimiz eserin İstanbul kütüphanelerinde 28 adet yazma nüshası vardır.
Bahâyî Dîvânı'nda biri kaside-i beçe olmak üzere 6 kaside, 42 gazel, 2 mesnevi, 2 tarih, 8 kıt‘a, 21 rubai ve 1 beyit vardır. Dîvân'daki bütün şiirler din dışı konulardadır. Şiiri ve mesleğini birbirine karıştırmamaya dikkat eden şairin divânında tevhid, münacat, na‘t gibi şiirler yoktur. Mevcut 6 kasidenin 5’i zamanın padişahı IV. Murad, 1’i IV. Murad'ın muhasiplerinden Silahdar ve Kapdan-ı derya Mustafa Paşa vasfında övgüdür. Bahâyî'nin 6 kasidesinin de, 1622'den 1640'a kadar padişahlık yapan IV. Murad devrinde yazılmış olması dikkate şayandır. Zira, Bahâyî 54 senelik yaşantısında 6 ayrı padişah (I. Ahmed I. Mustafa, II. Osman, IV. Murad, Sultan İbrahim ve IV. Mehmed) devri görmüştür. Bunlar içinde IV. Murad haricindeki diğer padişahlara kaside sunmaması ilginçtir. Halbuki hayatı azil ve sürgünlerle geçmiş şairin diğer padişahlar devrinde de hayatı ve mevkii bakımından mevcut padişaha kaside sunma gereği ile karşılaşmış olması lazımdır. Bahâyî'nin bu tavrını karakterine bağlamak mümkündür. O, her makam, mevki sahibine değil de beğendiği, takdir ettiği kişilere kaside sunmuştur denilebilir. Bahâyî için bir kaside şairidir denemez. Şairin kasidelerinde methettiği kişiler hakkında kullandığı kelime ve deyimler, genellikle telmih, teşbih ve mübalağa sanatlarıyla hayatiyet bulmuştur. Bahâyî'nin kasidelerinde belli bir ustalığın mevcudiyeti görülmesine rağmen sanat değeri açısından gazelleriyle kıyaslamak mümkün değildir. Bahâyî Dîvânı'nda 4’ü müzeyyel 42 adet gazel vardır. Gazelleri daha ziyade 5 beyitlidir. Bu şairin söz kalabalığından kaçınmağa özen gösterdiğinin, az sözle çok şey söyleme cihetine gittiğinin işaretidir. Şiirinde mana ve hayal dolgunluğuna önem vermiş, mısraları titizlikle işlemiştir. Şiirleri şekil bakımından kusursuzdur. Çirkin, zevksiz ve ahenksiz bir kelimeye rastlanmaz. Az sayıdaki gazelleri ona divan şairleri arasındaki yerini ve şöhretini kazandırmıştır. Aşıkâne olan bu şiirlerin hepsi belli bir seviyenin üzerinde, güzel şiirlerdir. Köprülü (1931:325) 17. asra ait mukaddimesinde; " Bahâyî ince ve zarif gazelleriyle mühim bir mevkie sahiptir" diyerek O'nun gazelciliğini takdir eder. Gazellerinde dolgun bir içerik, akıcı ve yumuşak bir söyleyiş, duygulu bir anlatım vardır. Çağının yaşama biçimini, kişisel duygularını şiirleştirmede başarılıdır. Çağdaşlarına oranla, çok az şiir yazmasına karşılık yaratıcı gücünü ortaya koyabilmiştir. Bahâyî Dîvânı'nda yer alan 2 mesnevî de Sultan Murad'ın vasfında övgüdür. İlki 88 beyitlik bir Sâkînâme; ikincisi Bahâyî'nin Kıbrıs'taki sürgün günlerinde Sultan IV. Murad'a affedilmesi amacıyla yazdığı yakarış ve övgü dolu 287 beyit tutarındaki Niyâznâme'dir. Mesnevîlerinde de -özellikle ilk beyitlerde- gazellerinde görülen o aşıkâne, ve insanı içten saran bir duygusallığı hissetmek mümkündür.
Bahâyî âlim ve şairliğinin yanı sıra aynı zamanda iyi bir hattat ve bestekârdır da. Çok güzel hüsn-i hat örnekleri sergileyen Bahâyî, musikiyle de ilgilenmiş ve besteler yapmıştır. Ali Ufkî Bey’in notaya aldığı “Evc beste” günümüze kadar gelmiş bir eserdir.
Sanatçı için etkilenmek kaçınılmaz bir olgudur. Bahâyî öncelikle yüzyılın şiir üsluplarından olan Sebk-i Hindî’nin etkisi altındadır. Türk edebiyatında etkisinde kaldığı iki zirve sanatçı; 16. yüzyılın usta şairi Bâkî ve çağdaşı olan, büyük hayranlık duyduğu Şeyhülislâm Yahyâ’dır. Gazellerinde bu iki şairin yolunu izledi.
Neşeden çok umutsuzluğun göze çarptığı gazellerinde, hayal ve duygu bakımından olduğu kadar anlatımı bakımından da etkileyici şiirler yazmıştır. Dîvân’ındaki kıt’alardan birini Şeyhülislâm Yahyâ Efendi’ye takdim etmiş o da şaire Bahâyî mahlasını vermiştir. Nâilî, Neşâtî, Güftî, Cevrî, Nâbî, Nazîm ve Aynî, Bahayî vasfında kasideler yazmışlar ve çeşitli şiirlerine tahmis ve nazireler yazmışlardır.