1583 yılında İstanbul’da doğdu . Sultan III. Mehmed devri kadıaskerlerinden tanınmış şair ve âlim Nev‘î Yahyâ Efendi’nin oğludur.
Önce babasından, daha sonra Kafzâde Feyzullâh Efendi’den ders aldı. 1601 yılında Ahîzâde Abdülhalîm Efendi’den mülâzım olarak tahsilini tamamladı. İstanbul kadısı Zekeriyyâ Yahyâ Efendi’nin yardımıyla 1605’te kırk akçelik İstanbul'un bugünkü Koca Mustafa Paşa semtinde bulunan Canbaziye Medresesi müderrisliğine tayin edildi. 1608’de müderrisliği bırakarak kadılığa başvurdu ve Lofça kadılığına atandı. Bir süre sonra kadılıktan alındı. 1018/ 1610’da Babaeski kadısı, ardından Varna, Rusçuk ve 1618’de Silistre kadısı oldu. 1620 yılında Tekirdağ, arkasından da Hezargrad kadılıklarına tayin edildi. Buradan azledilince bir süre Tırnova ve Sahra kadılıklarının gelirleri kendisine verildi. 1624’te Tırhala kadılığına gönderildi. Manastır ve yeniden Tırhala kadılıkları yaptıktan sonra 1632’de Üsküp kadısı oldu. Üç yıl sonra azledilerek İstanbul’a döndü ve çok geçmeden yeni bir tayin beklerken 1635 yılının Ekim ayında vefat etti .
Atâyî, görevden alınıp boş kaldığı kısa süreler dışında ömrünü İstanbul’dan uzakta, Balkanlar’daki çeşitli kadılıklarda geçirdi. Kendisi güzel konuşan, nükteli ve bazen de alaycı bir insandır. Dedesi ve babası gibi o da tasavvufa yönelmiş ve Celvetiyye tarikatinin kurucusu Aziz Mahmud Hüdâyî’nin müridlerinden olmuştur. Bursalı Mehmed Tâhir’in bildirdiğine göre Aziz Mahmud Hüdâyî Türbesi’nin kapısı üstündeki Arapça tarih kitâbesi onundur.
Atâyî değişik konularda manzum ve mensur pek çok eser vermiştir. Başlıca eserleri şunlardır:
1. Dîvân: Şeyhülislâm Yahyâ Efendi’ye ithaf ettiği Dîvân'ı orta büyüklükte bir eserdir. Yazma nüshaları oldukça fazladır. Yalnız İstanbul kütüphanelerinde on sekiz nüshası vardır. Manzume sayıları çok farklı olan bu nüshalar karşılaştırıldığında divanda mensur bir dîbâceden sonra bir mi‘râciye, otuz bir kaside, 303 gazel, iki mersiye, dört muhammes, dört müseddes, bir muaşşer, elli kıta, on üç rubâî, yirmi sekiz tarih ve yetmiş beyit bulunduğu görülür. Atâyî orta derecede bir şair olduğundan şiirleriyle fazla tanınmamıştır. Dili oldukça ağır ve külfetli olan şairin gazellerinde Fuzûlî, Nev‘î ve Bâkî’nin etkileri görülür. Atâyî Dîvânı, Saadet Karaköse tarafından yayımlanmıştır.
2. Hamse: Nizâmî’yi örnek alarak meydana getirdiği hamsesinde Atâyî’nin bu şaire bağlılığı sadece iki mesnevisinin adlarında ve dış görünüşlerindedir. Şair bu eserlerinde çok kullanılmış konular yerine yeni konuları ele almıştır. Yer yer mahallî hayatı, halkın yaşayış ve törelerini dile getirmiş, özellikle İstanbul’un değişik manzaraları ve güzelliklerini ortaya koymaya çalışmıştır; hatta hikâyeler içinde bazı gerçek olayları dahi anlatmıştır. Böylece mesnevilerine yerli unsurlar katarak İran mesnevi geleneğinden kurtulmayı denemiştir. Hamse nüshalarına, Hilyetü’l-Efkâr dışında Dîvân'ı ile bir arada külliyat halinde çokça rastlanmakta, tamamı ise Topkapı Sarayı Müzesi (III. Ahmed, Nr. 2650), İstanbul Üniversitesi (TY, Nr. 4013) ve Süleymaniye kütüphanelerinde (Esad Efendi, Nr. 2872) bulunmaktadır. Türk ve İslâm Eserleri Müzesi’nde bulunan (Nr. 1989) dört sütun halinde yazılmış nüsha ise tezhipli, minyatürlü ve çiçekli bir yazmadır. Yazmalarının çokluğu mesnevilerinin sevilerek okunduğunu gösterir. Bundan dolayı da Atâyî daha çok mesnevi şairi olarak tanınmıştır. Hamse’nin üslup ve muhteva özellikleri üzerine Tunca Kortantamer tarafından bir çalışma yapılmıştır. Atâyî’nin hamsesini oluşturan beş mesnevi şunlardır:
I. Âlemnümâ (Sâkînâme): 1617 yılında “faûlün faûlün faûl” kalıbıyla yazılan bu mesnevinin başında Atâyî, Osmanlı şairlerinin kaside ve gazel vadisinde geçtikleri İran şairlerinin mesnevide hâlâ üstün oldukları hususu tartışılırken Fâizî’nin ve diğer bazı şairlerin ısrarları üzerine bu mesneviyi yazdığını söyler. Âlemnümâ yirmi dört “bahis” içinde 1561 beyitle Boğaziçi’nin ve hisarların güzelliklerini anlatmakla başlar. Ardından bir içki meclisinde sırasıyla sâkî, şarap, asma, küp, kadeh, sürahi, pîr-i mugan, meyhane, şarkıcı, gece, mum, sabah ve bahar anlatılır. Âlemnümâ, Hamse’nin en çok tanınmış mesnevilerindendir. Yalnız İstanbul kitaplıklarında kırktan fazla nüshası vardır. Sâkînâme, Muhammet Kuzubaş tarafından yayımlanmıştır.
II. Nefhatü’l-Ezhâr: Atâyî’nin 1625 yılında Nizâmî’nin Mahzenü’l-Esrâr’ına nazîre olarak “müfteilün müfteilün fâilün” kalıbıyla yazdığı bu mesnevi 3200 beyittir. Baştaki tevhid, na‘t, mi‘râciye gibi dinî şiirler ve eserin sunulduğu Sultan IV. Murad ile Şeyhülislâm Yahyâ hakkındaki kasidelerden sonra mesnevi yirmi “fasl”a ayrılmış, “nefha” ve “dâstân” başlıkları altında padişahlardan, aşktan, Anadoluhisarı’ndaki maskaralar, soğuk latife yapanlar, âşıklar ve cömertlerden söz edilmiştir. Nefhatü’l-Ezhâr dinî-ahlâkî ve öğretici bir eserdir. Arasına bazı küçük hikâyeler de serpiştirilmiştir. Nefhatü’l-Ezhâr, Muhammet Kuzubaş tarafından yayımlanmıştır.
III. Sohbetü’l-Ebkâr: Atâyî’nin 1626 yılında Molla Câmî’nin Subhatü’l-Ebrâr’ından etkilenerek “fe‘ilâtün fe‘ilâtün fe‘ilün” kalıbıyla yazdığı 3530 beyitlik bir mesnevidir. Eserin başında, bir kır gezintisinde dostlarının Câmî’nin eserini överek bunun Türkçeye çevrilmesi gerektiğini söylemeleri üzerine bu mesneviyi yazdığını açıklar. Mesnevi kırk “sohbet” halinde düzenlenmiş, bunlarda aşk, ibadet, tevazu, fazilet, çalışma, iyilik, bağlılık ve yalan gibi konular işlenmiştir. Yirmi sekizinci sohbette de Nasreddin Hoca hikâyeleri anlatılmıştır. Sohbetü’l-Ebkâr, Muhammet Yelten tarafından yayımlanmıştır.
IV. Heft Hân: 1627 yılında Nizâmî’nin Heft Peyker’i örnek alınarak “feilâtün mefâilün feilün” kalıbıyla yazılan mesnevi 2784 beyittir. Heft Peyker’de yedi ülkenin kızlarının anlatıldığı hikâyeler burada yedi âşık tarafından anlatılmıştır. İstanbul’da ansızın bir periye tutulan bir âşık gece gündüz yanıp yakılır, derdini ve sevgilisinin adını kimseye açıklamaz. Kendisi gibi âşık olan yedi arkadaşı onu avutmak için sırayla yedi hikâye anlatırlar. Bu hikâyeler Şam ve Edirne’de, Çîn ü Mâçin’de, Gazne, Bağdat, Rey, Belh ve İstanbul’da geçer. Hamsenin en tanınmış mesnevisi olan Heft Hân Turgut Karacan tarafından yayımlanmıştır.
V. Hilyetü’l-Efkâr: Hamsenin yakın zamanlara kadar ele geçmeyen bu mesnevisinin eksik bir nüshası ilk defa Agâh Sırrı Levend tarafından ortaya çıkarılmıştır. Sonradan üç eksik nüshası daha bulunan mesnevinin mevcut kısmında münâcât ve na‘t gibi başlangıç bölümleri yer almakta, asıl konu ile ilgili bölümler bulunmamaktadır. Ancak A. S. Levend bazı karinelere dayanarak bu mesnevinin Husrev ü Şîrîn konusunda kaleme alındığını ve bazı küçük hikâye ve menkıbelerden meydana geldiğini ileri sürmektedir.
3. Hadâiku’l-Hakâik fî Tekmileti’ş-Şekâik: Atâyî’nin Üsküp kadısı iken 1634 yılında bitirdiği ve Zeyl-i Şekâik veya Zeyl-i Atâyî diye de tanınan bu mensur eseri, Taşköpri-zâde’nin meşhur eş-Şekâiku’n-Nu'maniyye adlı eserinin Türkçe zeylidir.
Atâyî’nin bunlardan başka, bir kısım külliyat nüshalarının sonunda, devrinde yaşayan bazı kişiler hakkında yazılmış 100 beyit kadar tutan Hezliyyât’ı, yarım kalmış bir Siyer-i Veysî Zeyli, sekiz mektuptan oluşan bir Münşeât’ı, ayrıca Kudûrî, Kadîhan, Dürer gibi birçok fıkıh kitabında yer alan bazı görüşleri müellif ve kitap ismi vererek tenkit etmek üzere hazırlanmış el-Kavlü’l-Hasen fî Cevâbi’l-Kavli li-Men adlı Arapça küçük bir fıkıh kitabı vardır.